MD常见报错解决方法

一、残基不全问题该问题一般出现于使用电镜解析结构跑MD的时候主要是因为有些质量密度分辨率不足只能确定部分原子的位置从而出现了少于标准残基原子数的残基导致GROMACS无法识别。该问题从GROMACS的报错中可能无法判断出问题残基的位置因此我们可以按如下步骤检查和修改。解决办法# 输入这个换成自己的pdb名和待检查的res grep ^ATOM input.pdb | grep LYS | cut -c 22-27 | uniq -c # 检查实例 9 A 341 9 A 355 9 B 12 4 B 104 -- 【注意看这里】 9 B 211 # 您会得到如上信息第一个数字是原子数这个B链104位的LYS明显少于标准原子数9 # 打开chimerax对pdb文件进行处理在下方命令行输入该指令可以批量处理 swapaa #1/B: 104 LYS # 如果该结构质量比较低每种残基都有问题大家可以试下pdbfixer需下载软件 pdbfixer input.pdb --add-atomsheavy --outputfixed_perfect.pdb二、链内存在非蛋白成分可能是结构存储时存入了辅酶、ATP等非蛋白分子也可能是CAVER等工具写入了HETATM这是一个占位原子用原子表征人工添加的特征从而使ChimeraX和pymol得以完成可视化。检测及修改方法如下# 输入以下指令检查“HETATM” grep ^HETATM fixed_perfect.pdb | awk {print $4} | sort | uniq # 打开chimerax删除非蛋白成分 delete ~protein三、NPT显示memory不足崩溃的情况在我该栏目其他文章中有类似“NPT是最容易出问题的MD步骤”的表述这是因为该步恒压变化需要改变体系的体积。当结构中出现距离明显过近存在冲突的原子时会出现这种报错下面为大家展示一下范德华力随距离变化的图像。可见当结构存在过近甚至重合的原子时范德华力呈无穷大的趋势因此在该步原子会直接崩出“十万八千里”解决方法# ChimeraX举例 select /A # 上方选项栏--Right Mouse--Move Atoms--把两条链拉开一点之后重新从头跑整个MD流程如果我的内容有所帮助还望友友们点赞收藏支持一下关注我一起探讨更多生物信息学内容